El Centro de Documentación Institucional coordina el funcionamiento del Sistema Institucional de Archivos de la Secretaría de Salud, estableciendo los principios y bases generales para la organización, conservación, administración y preservación homogénea de los archivos, promoviendo las mejores prácticas a través de un modelo de gestión documental que cumpla con la normatividad archivística vigente.

Además, el Centro de Documentación Institucional alberga en su interior el acervo del Archivo Histórico de la Secretaría de Salud "Rómulo Velasco Ceballos", así como una biblioteca y hemeroteca especializadas en temas de salud.