El Archivo Histórico de la Secretaría de Salud, conserva documentos que datan del siglo XVI hasta nuestros días, generados por instituciones encargadas de la salubridad y la asistencia social en México; desde los primeros centros hospitalarios, educativos y asistenciales creados por las órdenes religiosas establecidas en la Nueva España, hasta la actual Secretaría de Salud. El Archivo procura recuperar y organizar el patrimonio documental, a partir de las transferencias secundarias, para que se favorezca su difusión y contribuya a la investigación histórica y consulta por parte de los funcionarios, investigadores e interesados en la historia de la salud, la salubridad, la asistencia, la medicina, enfermedades e higiene en México.

El Archivo Histórico forma parte de la Red de Bibliotecas y Archivos del Centro Histórico.